Palvelussa on seuraavia rajoituksia:
· Työntekijällä tulee olla suomalainen henkilötunnus. Henkilötunnuksettomalle ei voi laskea palkkoja Palkka.fi:ssä
· Palvelussa ei huomioida työehtosopimuskohtaisia määräyksiä
· Palkka.fi-palvelun kanssa yhteistyössä olevat työeläkeyhtiöt on listattu palvelun etusivulla
· Kotitalousvähennystä maksetuista palkoista voi hakea vain Suomessa tehdystä työstä
· Palvelun kautta ei voi laskea eikä ilmoittaa osinkoihin liittyviä suorituksia
· Palvelun kautta ei voi ilmoittaa poissaolotietoja tulorekisteriin
· Palkka.fi soveltuu pientyönantajille, kuten kotitalouksille, yrityksille, yhdistyksille ja seuroille, joilla on vähäinen määrä työntekijöitä tai palkkioiden saajia.